阿波国分寺は現在の国分寺境内を中心とした方二町(約218m四方)の規模と推測されている。発掘調査によって金堂から伸びると想定される回廊跡、築地跡、寺域を区画する溝などが検出されている。

境内の片隅に七重の塔の塔心礎があるが、これは田畑で発見されたもので、もともとここにあったものではない。