建久4年(1193年)馬場資幹によって築かれた館が始まりとされる。 資幹は源頼朝からこの地を賜わり大掾に任ぜられた。

応永33年(1426年)河和田城主江戸通房が、城主大掾満幹が府中城に赴いた留守中に水戸城を占拠する。その後、江戸氏が水戸城を居城とする。

天正18年(1590年)佐竹義宣が江戸氏を討ち水戸城を奪った。 その後、佐竹氏が水戸城を居城としたが、慶長7年(1602年)佐竹義宣は出羽国久保田に転封となった。

慶長7年(1602年)下総国佐倉より武田信吉(家康五男)が十五万石で入封するが、信吉が病没したため、慶長8年(1603年)徳川頼宣(家康十一男)が二十万石で入封する。 しかし、頼宣は慶長14年(1609年)駿河国府中へ転封となり、常陸国下妻より徳川頼房が二十五万石で入封、以後御三家として水戸徳川氏が続き明治に至る。

城は千波湖の北の丘陵に築かれており、東から西に下の丸、本丸、二の丸、三の丸と配されていた。

本丸は水戸第一高校となり、西側に土塁が残る他、城門が移築されて現存しており、見学の為に入ることが許可されている。

JR水戸線が本丸と二の丸の間の空堀で、二の丸は幼稚園から高校に至るまでの学校の敷地となり、見学することはできない。 ここに御三階櫓があった。

県道232号線が二の丸と三の丸の間の空堀で、三の丸には藩校である弘道館が現存しており、見学できる。