正保3年(1646年)細川行孝によって築かれた。 熊本藩細川忠利の弟行孝が三万石を分地され宇土藩を立藩した。 行孝は水質の悪い宇土に全長5km近い水道施設を付設、明和年間には改修するとともに防火、潅漑にも活用した。

宇土市民会館の向かいにある宇土市中央公民館周辺が陣屋跡であるが現在遺構は残っていない。