築城年代は定かではない。『古城考』によれば明応2年(1493年)に蔵原志摩守が在城していたという。
二辺塚城は豊肥本線内牧駅の北東にある標高573.6mの本塚に築かれていた。 二辺塚城はこの「本塚」と北にある「北塚」を併せた城とされる。南にある本塚の山頂には「二辺塚城 阿蘇惟之」と刻まれた石碑が建っているが、先の地震によって倒壊している。
城郭遺構としては明瞭な遺構はなく、山頂部はなだらかな地形で切岸もない。現在は圃場整備されているが周囲は湿地帯であったという。
木が生えていない草原の山で、西や南から登る道がある。
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