丹後国分寺は天橋立を望む北方の高台にあった。現在「丹後郷土資料館」が併設され、奥には現在まで続く真言宗の丹後国分寺がある。

丹後国分寺は中門、金堂跡が南北に連なりその西側に塔跡がある。これらは礎石が残されているだけである。この礎石は創建当時のものではなく、建武年間(1334年〜1338年)頃に再建されたときのものと推測されている。