甲斐国分尼寺は国分寺の北600m程の所に築かれていた。発掘調査によって金堂・講堂が検出されたが、それ以外はまだ確認されていない。この寺の周りから「法寺」・「花寺」の文字が書かれた土器が出土しており、国分尼寺の正式名称である「法華滅罪之寺」を略したものである。