日向国分尼寺は妻高校一帯にある諏訪遺跡に比定されている。この辺りは「法華跡」と呼ばれ、近くの坂は「尼寺坂」と呼ばれている。また、この辺りから出土する多くの瓦は国分寺や国府跡から出土している瓦と同時期のものが多く含まれており、この地が尼寺跡であることはまず間違いない。しかしながら、発掘調査では後世の錯乱などによりわずかに南北溝が検出された程度である。

日向国分尼寺は妻高校の校庭側に案内板と石碑が建っている。