築城年代は定かではないが目賀田氏によって築かれたと云われる。 目賀田氏の出自については定かではないが、鎌倉時代には御家人として登場している。

室町時代には近江国守護佐々木氏の重臣となり、その後は目賀田氏も分家して佐々木六角氏、京極氏、出雲国の尼子氏に仕えたという。

織田信長が近江国に進出した後は織田氏に従い、本能寺の変により信長が倒れると明知光秀に従って山崎の合戦に従軍し、羽柴秀吉によって所領を没収された。

現在は目賀田城址公園として整備され、土塁が残っている。