築城年代は定かではないが戦国時代に栖本氏によって築かれたと云われる。 天草衆の一人栖本氏の本城とされる。

他の天草衆と同様に肥後国守護菊地氏に従っていたが、後に相良氏を介して大友氏に従うようになった。

豊臣秀吉による九州征伐後も所領を安堵されたが、南肥後に入部した小西行長の宇土城普請を拒んで、天草衆は小西行長と加藤清正によって攻められ降伏した。

円性寺の背後の山が城址で、現在は公園となっている。 円性寺は栖本郡代所跡で境内に石碑がある。