築城年代は定かではないが京極氏によって築かれた。 万治元年(1658年)龍野の京極高知は讃岐国丸亀へ転封となったが、網干地区は丸亀藩の飛領地として残された。この網干地区を管轄するための陣屋が網干陣屋である。