築城年代は定かではないが小長井(谷)氏によって築かれたと云われる。 小長井氏は土岐氏の支流という。
はじめ今川氏に従っていたが、永禄11年(1568年)小長井長門守の頃に武田氏の駿河侵攻によって武田氏に従うこととなった。小長井城は武田氏によって改修され、武田氏の駿河における拠点の一つとなったが、天正10年(1582年)武田氏は滅亡し、小長井城もこの頃に廃城となったと考えられている。
小長井城は大井川の東岸、現在の徳谷神社の境内に築かれている。
主郭部は徳谷神社の境内で東端の本殿の所が本丸、そこから西へ大きく三段程の曲輪があり、主郭部全体を土塁と堀で囲んでいる。
小長井城の特徴はなんといっても虎口で、枡形虎口が西と南にあり、丸馬出と角馬出を連結した重馬出しが南東に残っている。西の枡形は神社の参道として石段が直線的に設けられ破壊されているが、枡形であった痕跡が分断された土塁として残る。南東の重馬出しは丸馬出の南端から東側に角馬出、北は本丸背後の二重堀の間に出るような構造となっている。
小長井城はこの主郭部の北側で現在B&G海洋センターとなっている部分も城域であり、その間の道路はかつて空堀であった。
国道362号線沿いにB&G海洋センターに向かう道標が出ている。海洋センターの隣が徳谷神社である。
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