文政年間に水戸藩によって築かれた遠見番所がその前身で望洋館とも呼ばれた。
天保年間(1830年~1844年)には海防陣屋として整備され、水戸藩士が詰めて異国船などの監視を行い、大筒などで砲撃できる施設も整備された。
元治元年(1864年)天狗党の乱で海防陣屋が占拠されたため、幕府軍による攻撃が行われ奪還に成功したが、このときの戦火によって建物は消失したという。
磯浜海防陣屋は「国指定史跡 磯浜古墳群」の一角にあり案内板が設置されている。
丘陵東側の道路沿いに「国指定史跡 磯浜古墳群」見学者用の駐車場が用意されている。ただここに至る道が狭く、南から入ると特に狭いため、北から入るほうがよい。
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