築城年代は定かではないが本山氏によって築かれたと云われる。 本山城主本山氏の土居の一つで、天正17年(1586年)の長宗我部検地当時は本山采女が住んでいた。
長宗我部氏が改易となり土佐一国の領主として山内一豊が入国すると、家老永原一照(山内刑部)が本山千三百石の領主として土居屋敷に住んだ。江戸時代以降も本山地区を管理するために使用され、藩政改革など実施した野中兼山も住んでいた。
本山土居屋敷は本山城の北麓にあり、周囲よりやや小高い地に築かれている。現在は公園となっているが、周囲には石垣が残っている。