築城年代は定かではない。建武3年・延元元年(1336年)の館主は南部師行の家臣小笠原孫四郎で、北朝方に寝返った曾我貞光が船水館を攻めたが敗れたという。

船水館は船水集落の東端部にあったという。岩木川の氾濫によって主郭部が削られ室町時代にはすでに館として利用されていなかったとの伝承があるようで、現在は一面水田となっている。