築城年代は定かではない。城主は尼子氏の家臣で小川右衛門頭と伝えられる。小川氏の法名は「宝久全隆大禅定門」で、これが宝久山全隆寺の山号と寺号の由来という。

全隆寺城は中海に浮かぶ大根島の南端に築かれている。 全隆寺の境内が城域で、北から東側にかけて道路に面して土塁と堀が巡っている。西側の石垣は戦国時代のものと伝えられている。