築城年代は定かではないが加藤明友によって築かれた。

寛永20年(1643年)加藤明成はお家騒動によって会津若松四十万石を返上した。改易となった加藤氏は明成の長男明友が、祖父加藤嘉明の勲功によって家名の存続が許され吉永村周辺で一万石を領し吉永陣屋を築いた。

天和2年(1682年)加藤明友は二万石に加増され近江国水口へ転封となり廃城となった。

陣屋は善林寺付近の山の谷間に築かれていたが、現在遺構はほとんど残っていない。