築城年代は定かではないが江戸時代初期に佐賀藩によって築かれた。
神代氏が支配した山内地方を知行替えによって鍋島氏が支配したとき、鍋島種巻がその代官となった。神代氏を慕って佐賀藩に従順でなかった山内地方であったが、種巻の二男鍋島茂利が代官としてこれをうまく治め、佐賀藩に組み込まれていった。寛永12年(1800年)上佐賀代官所が設置され三反田代官所も終焉を迎えた。
三反田代官所は三反田の祇園宮の西200m程の所に築かれている。 南北二段になった平段があり、西側と南東側面に石垣が残っている。
県道209号線の少し北側に入口があり、標柱が建っている。