築城年代は定かではないが江戸時代初期に深堀氏によって築かれたと云われる。 深堀氏は相模国三浦荘発祥の三浦氏の一族で建長7年(1255年)八浦荘地頭職を得て能仲が下向して深堀氏を名乗った事に始まる。

深堀氏は鎌倉時代以来一貫してこの地に勢力を張り、戦国時代には西郷純久の三男純賢を養子に迎え、西郷氏とともに大村氏・長崎氏と戦った。その後も龍造寺氏に属して大村氏と戦っている。

龍造寺隆信が戦死した後は鍋島直茂が龍造寺家の実権を握ったが、深堀純賢は直茂とともに朝鮮の役にも出兵し、後に鍋島姓を賜わった。江戸時代には六千石の家禄で佐賀鍋島藩の家老となり、明治に至る。

深堀陣屋は深堀純心幼稚園、深堀カトリック教会のある丘陵に築かれていた。 幼稚園側の道の脇に石碑があり案内板が建っている。石垣が残っているというが、内部は立入禁止で確認していない。

南にある菩提寺には深堀氏の歴代の墓があり、背後の城山山頂には深堀氏の城という俵石城がある。