築城年代は定かではない。館主は小倉六右衛門という。 永禄9年(1566年)木舟城主石黒左近が勝満寺を攻撃した際に、同寺の有力門徒であった六右衛門の館も焼き打ちにあったという。

小倉殿館は現在宅地や水田となり遺構は残っていない。地籍図から方形居館と見られている。