築城年代は定かではないが天文4年(1535年)頃に本堂氏によって築かれたと云われる。
本堂氏は陸奥国和賀郡に勢力をもった和賀氏の一族で、南北朝時代の頃に本堂に土着し元本堂城を築いて居城としたことに始まる。
天文年間(1532年〜1555年)に本堂城を築いて山城である元本堂城より移ったとされる。戦国時代の本堂氏の系譜は義親・頼親・朝親・忠親・茂親で、義親は戸沢氏と戦って鴬野で戦死、頼親は金沢城主と戦って野口で戦死、朝親も戦死したという。
天正年間(1573年〜1592年)の当主は本堂忠親で豊臣秀吉にの小田原征伐に参陣し、藤田信吉の検地に協力して八千九百八十三石余を領した。
関ヶ原合戦の後、本堂茂親は常陸国志筑八千五百石に転封となり廃城となった。本堂氏は以後交代寄合として明治まで続いた。