三田尻御舟倉跡は萩藩毛利家の水軍拠点の一つである。関ヶ原合戦の後、防長二カ国に減封となった毛利家は萩城を居城として萩藩となった。当初御船倉は下松市に設けられたが、慶長16年(1611年)に三田尻に移された。
御船倉はいわゆる水軍基地であり、毛利家ではかつての毛利水軍や能島村上水軍を御船手組として編成した。御船手組の役目の一つに参勤交代があり、萩藩主は三田尻から大坂までは海路で往来したため、藩主はこの地から船に乗って大坂に向かった。この藩主が宿泊したのが近くにある三田尻御茶屋である。
三田尻御舟倉跡は萩往還関連史跡の一つとして国指定史跡となっており、現在は公園として整備されている。かつて海に面していたが、現在では埋め立てなどによって少し内陸に入った所にあり、石垣はそのまま宅地の土台などになっている。
