寛政4年(1792年)越後国椎谷藩主堀氏によって築かれた。 天明6年(1786年)飢饉による米価高騰に蔵米を競売し、天明義民事件と呼ばれる農民一揆が勃発し、寛政4年(1792年)藩主堀著朝が隠居と、所領五千石の半知替えの処分となった。このとき信濃国高井郡六川村に築かれたのが六川陣屋である。

六川陣屋は現在の奥田神社付近に築かれていた。 付近は宅地となっており、わずかに石垣などが残っているだけであるが、神社脇に案内板が設置され、高札場がある。