元禄元年(1688年)畠山基玄によって築かれた。 畠山氏は中世以来の名門で江戸時代には高家として存続していたが、基玄は将軍綱吉に寵愛され、異例の厚遇をうけ所領五千石となって築いたのが畠山陣屋である。

畠山陣屋は岡田嘉右ヱ衛門の敷地内に設けられ、代々代官職を代行したという。

現在は岡田記念館として公開されており、陣屋門や代官屋敷が現存する。