天文3年(1534年)に小里出羽守光忠によって築かれたと云われるが定かではない。 小里氏は土岐成瀬の四男土岐元頼を祖を祖とするという。
元亀3年(1572年)甲斐国武田氏の部将秋山信友が美濃に侵攻し岩村城を落とすと、明知城主遠山景行とともに小里光忠・光次父子は織田方として戦ったが討死した。(上村合戦)
天正2年(1574年)武田軍が明知城を包囲すると、織田信長は後詰に出向いたが到着を待てずに落城した。 信長は鶴ヶ城に河尻秀隆、小里城に池田恒興を城番として置き、城の改修を行った。 しかし工事の途中、織田信忠によって岩村城の奪還に成功したため、中止となったという。
本能寺の変で、小里光久が山城国二条城にて討死した為、小里氏の家督は光久の後見人であった叔父の小里光明が継いだ。光明は金山城主森長可には従わず、小里を退去して徳川家康を頼り各地を転戦したという。
その後、光明と孫の光親は慶長5年(1600年)関ヶ原合戦で東軍に属して戦功をあげ、土岐・恵那郡で三千八百五十石を領して旗本となった。しかし、光親の跡を継いだ光重が元和9年(1623年)に嗣子なく没し小里氏は改易となって滅亡した。
小里城は小里川の西岸にあり、山塊の北東端の標高403mの城山山頂に築かれている。
主郭は山頂にあり、天守台と呼ばれる多角形の石垣がある。この場所は大正から昭和にかけて改修を受けており旧形状は不明であるが、「小里城絵図」にも土壇状の描写がみられるので櫓台があったことは確かなようだ。
この天守台のある曲輪の周辺には石垣の残骸が遺り、矢穴のある石も点在する。周囲の城郭遺構は不明瞭ながら、東側の山腹に削平位置が残る。尾根続きである南側の鞍部には堀切が見られず、麓の御殿場から通じる緩傾斜の尾根にも一切堀切は残っていない。
県道20号線沿いに小里城の看板がある。登山口の向かいに専用の駐車場が完備されている。山頂の東屋にパンフレットが設置されていた。
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