文化13年(1816年)松平斉典によって築かれた。 武蔵国川越藩の上総・安房にある飛領地約二万石を管理する為に置かれた陣屋で、 当初は向郷陣屋で行われていたが、新たに三本松に移し、以後明治に至る。

陣屋は南側が切り立った断崖の上に築かれ、南側が高くなっている。現在は三本松公園となっているが、水道施設なども建っておりどの程度当時の地形なのかはわからない。

陣屋の北東にある稲荷神社は陣屋の守護神として奉られていたものだという。