築城年代は定かではないが二曲右京進によって築かれたと云われる。
二曲氏は二曲村の土豪で代々この地に勢力を持っていたという。
織田信長が加賀一向一揆に侵攻すると、鈴木出羽守が白山麓山内衆の総大将として派遣され、
鳥越城を築城して拠点を移し二曲城は三坂峠を押える支城となった。
天正8年(1580年)柴田勝家によって攻められ
鳥越城とともに落城、鈴木一族は滅亡した。
勝家は鳥越城に吉原次郎兵衛、二曲城に毛利九郎兵衛を置き固めたが、白山麓一向一揆の抵抗は続き天正9年(1581年)に奪還された。
しかし、天正10年(1582年)織田信長によって一向一揆の掃討作戦が行われ、佐久間盛政によって鎮圧、門徒ら300人が磔に処せられた。