元和4年(1618年)松倉重政によって築かれた。 鎌倉時代から島原一帯を領していた有馬氏が慶長19年(1614年)日向国県へ転封となると、松倉重政が入封する。 重政は有馬氏の居城日之江城に入ったが、すぐに島原城の築城を開始した。 築城に際しては原城の石垣を崩して運ばせるなど七年もの歳月を費した。 連郭式平城で本丸と二の丸の間は廊下橋でのみ通じており万一の時は橋を落として本丸だけで籠城できるようになっていた。 五重五階の天守と49基もの隅櫓を持ち約四万石という石高に不相応な規模を誇る。 寛永7年(1630年)には重政が近くの小浜温泉にて暗殺されると勝家が継いだが、 この勝家のときに島原の乱が起こり、責任を問われた勝家は津山藩にお預けののち切腹となった。

・元和2年(1616年)大和国五条より松倉重政が四万石で入封、寛永15年(1638年)勝家の時、除封。
・寛永15年(1638年)遠江国浜松より高力忠房が四万石で入封、寛文8年(1668年)隆長の時、除封。
・寛文9年(1669年)丹波国福知山より(深溝)松平忠房が六万五千石で入封、寛延2年(1749年)忠祇の時、下野国宇都宮へ転封。
・寛延2年(1749年)下野国宇都宮より戸田忠盈が七万七千石で入封、安永3年(1774年)忠寛の時、下野国宇都宮へ転封。
・安永3年(1774年)下野国宇都宮より(深溝)松平忠恕が六万五千石で入封、以後明治に至る。