築城年代は定かではないが江戸時代初期に鍋島隼人佐によって築かれたと云われる。羽柴秀吉の九州征伐の恩賞として旧神代領三千石が鍋島直茂に与えられた。 神代領は飛び地であったため一族の鍋島隼人佐を置いた。

陣屋は神代城の二の丸東側麓に接している。
現在も長屋門を始め増改築されてはいるものの古い面影を残す屋敷が残っている。
近年国見町が鍋島家から土地を買い建物を寄贈してもらったそうで、入場料を受け取った管理人の方に 丁寧に説明して頂いた。