築城年代は定かではない。現在残る遺構は肥後に入国した加藤清正によって築かれたもので、加藤重次が城代であった。

南北朝時代に築かれた佐敷城は、現在の佐敷城から佐敷川を越えた東側にある佐敷東の城とも考えられているが詳らかではない。

永禄5年(1562年)島津家臣梅北宮内左衛門が佐敷城を攻めたときの城主は佐敷重家であった。天正9年(1581年)島津義久が水俣で相良義陽を敗ると、芦北郡は島津氏に割譲され、島津家臣の宮原景種が地頭として佐敷城主となった。

天正15年(1587年)豊臣秀吉による九州征伐によって島津氏は敗北すると、秀吉の家臣佐々成政、継いで加藤清正と小西行長が肥後に入封し、佐敷は加藤清正に与えられた。

佐敷城を築いた加藤清正は、家臣加藤重次を城代として佐敷城に置いたが、 文禄元年(1592年)の文禄の役に城代の加藤重次が従軍して留守のとき、島津家臣梅北国兼が佐敷城を占拠して挙兵(梅北一揆)した。しかし、一揆は間もなく加藤氏の家臣井上氏・安田氏・坂井氏などによって鎮圧され、梅北国兼は討死した。

慶長5年(1600年)関ヶ原合戦では、加藤清正は東軍、小西行長と島津氏は西軍と分かれた結果、飛領地であった佐敷城は孤立し、島津氏によって攻められた。このとき西軍の敗報が伝わるまでの約30日余り籠城して持ちこたえたという。

元和元年(1615年)一国一城令により廃城となり破却されたが、寛永15年(1638年)島原の乱後に破却不十分として、再び徹底的な破却が行われた。

佐敷城は佐敷川の河口の南側にある標高88mの山頂に築かれている。 総石垣造りによる城郭は、整備以前には石垣があることも知られず埋もれていたといい、長年の発掘と整備により、現在は国指定史跡として公園になっている。

城の規模はそれほど大きなものではなく、南北200m、東西100m程におさまる。 北端を本丸とし、南に向かって二ノ丸・三ノ丸と階段状に連なり、桝形虎口など見所満載の城であるが、北側へ伸びる尾根には遺構はない。これは北側から西側にかけては海に面し、東麓に薩摩街道が通っていたためと思われる。

佐敷城が廃され、加藤氏に代わって細川氏が入封すると、東麓に佐敷番代屋敷が設けられた。ここには佐敷城代加藤重次の縁者の墓石(芦北町指定文化財)や、城跡から発見された天下泰平の巨大なモニュメントなどがある。

車の場合、山上の駐車場まで車であがることができる。国道3号線から県道27号線に入り、佐敷中学校を目指すと良い。