安政4年(1857年)江戸幕府によって築かれた。 江戸幕府は日米和親条約締結によって函館港を開港することとなり、松前藩より領地を譲り受け函館奉行所を設けたが、安政4年(1857年)港湾防備の為に武田斐三郎の設計のもと亀田御役所土塁の築城を開始し、元治元年(1864年)に稜堡式五稜郭として完成した。 稜堡式五稜郭は日本ではここと信濃国龍岡城にしか存在しない貴重なものである。

江戸幕府が崩壊すると、榎本武揚率いる旧幕府海軍が蝦夷地に幕臣による蝦夷共和国を設立するべく五稜郭を占領し明治政府と対立するが、明治2年(1869年)明治政府によって攻められ降伏した。

新タワーの建設によってその独特の形状を高い位置から見ることができるようになった。ただ、ガラスに接写しないと写り込むので全容を収めようとするとかなりの広角レンズが必要なようだ。