元禄10年(1697年)松平頼方によって築かれた。 頼方は和歌山藩主徳川光貞の四男で後の徳川八代将軍徳川吉宗である。

頼方は越前国丹生郡と坂井郡の内十五ヶ村三万石を領して葛野藩を立藩したが、宝永2年(1705年)越前国高森藩主松平頼職が和歌山藩の家督を継いだ為、高森藩領のうち一万石を加増された。しかし、同年和歌山藩を継いだ頼職が急逝した為、頼方は和歌山藩の家督を継ぐこととなり、葛野陣屋は廃された。

葛野陣屋は越知川の北岸にある丘陵に築かれていた。現在葛野神社が建っている辺りであるが、遺構は残っていないようである。わずかに神社の鳥居脇に葛野陣屋の道標が建っているのみである。