享保6年(1721年)江戸幕府によって築かれた。 越前国にある幕府直轄領を管理する天領陣屋である。当初は西鯖江に設けられていたが享保5年(1720年)に鯖江藩が立藩されたため、移転された。

元文元年(1736年)越前国天領十七万石が福井藩預りとなって一時廃されたが、寛保2年(1742年)預り領の内、六万石が幕府に返還されたため享保元年(1744年)に再び本保陣屋が設けられた。

明和4年(1767年)本保陣屋は飛騨郡代の配下となって明治に至り、明治3年(1870年)廃藩置県によって本保県となったが、同年末に福井県と合併し本保県は廃された。

本保陣屋は愛宕山の東麓に設けられていた。現在は陣屋跡に陣屋風の小公園が設けられている。天保大飢饉の折りに時の飛騨郡代大井帯刀は年貢を減免し領米を放出するなど仁政を行い、領民に深く感謝されたようで、現在も本保陣屋まつりが行われているようである。

吉野小学校を目指す。小学校の西側の道路を南へ進んで行くと本保陣屋跡への道標があり、左折した先右手に公園がある。