築城年代は定かではないが南部(乙部)勘解由左衛門義綱によって築かれたと云われる。 南部氏ははじめ乙部と名乗って中角館に居住していたと云われる人物である。

永正4年(1507年)に朝倉貞景が一向一揆を敗った後は、志比庄東部を治めるため、義綱を藤巻に配したという。

藤巻館は九頭竜川南岸のなだらかに北へ伸びる丘陵地帯に築かれていた。 地籍図には南に「勘解由殿」と呼ばれる地名が残されているが、館跡を確認することはできない。