寛保2年(1742年)江戸幕府によって築かれた。天和元年(1681年)六十万石の大名であった高田藩松平氏が改易となり、その所領の大半が天領となった。このうち頸城郡内の87ヶ村五万石余りを支配したのが川浦代官所であった。

一時廃止の期間もあったが、初代萩原藤七郎から大草太郎左衛門まで116年間36代の代官が川浦代官所で務め明治に至る。

代官所は県道13号線の北側一帯にあり、現在は御陣屋稲荷社などを含めて公園となっているが、井戸などが残っている程度で遺構はほとんど残っていない。善巧寺には代官所の門が移築現存している。

県道13号線沿いに標柱や案内板が設置されている。陣屋跡は県道の北側にある稲荷社付近でここにも案内板がある。