文化5年(1808年)江戸幕府によって築かれた。 元和2年(1616年)出雲崎七万石が天領となり、以後佐渡からの金銀の荷揚げ港として栄えた。文化5年に現在の地に代官所が移され、以後明治に至る。

代官所は街道の南にある丘陵に築かれている。現在は駐車場となっており、その入口に石碑と案内板が建てられている。特に遺構は残っていないようであるが、「代官所稲荷」と呼ばれる代官所の守護神として祀られている神社が残っている。

国道352号線沿いの道の駅「越後出雲崎天領の里」から集落内の道に入り南へ進むと南側の高台の上に学校跡がある。その下の駐車場が代官所跡。