今井城は信濃川南岸の段丘の北端に築かれており、東西両側も支流による浸食で深い谷となり天然の要害になっている。
今井城は二条の空堀で南の台地から切り離し、南北二郭で構成される。
北の曲輪は三角形で南背後に高土塁を設けて中央に虎口を開く。北へ続く細尾根は二条の堀切で遮断し、北東斜面には壮大な竪堀と、無数の畝状竪堀群によって覆われている。
北の曲輪と南の曲輪との間の空堀は中央に低い土塁があり、二重堀になってやや湾曲している。この空堀も木橋が架かっていたようで、南郭の一部が突出して橋台になっている。
南の曲輪は南北両側を空堀で区画した曲輪で、東側が西側より一段高くなっている。北の空堀に面しては土塁はなく、南の空堀に面しては東半分のみ土塁が付いている。
南端の空堀は中央で鈎状に屈折する。南の台地と南の曲輪との間は木橋が架かっており、南側の台地には木橋を受ける橋台があり、橋台は南を除く三方に堀が巡らされている。