延文元年・正平11年(1356年)小田島長義によって築かれた。
小田島氏がこの地を去ると斯波氏の一族である坂本頼高が城主となり坂本氏は7代続いて滅びた。
天正12年(1584年)天童合戦の後は最上義光の支配下に置かれ里見景佐が入城した。
元和8年(1622年)最上氏が改易となってからも支城として存続していたが寛文元年(1661年)廃城となった。
寛文8年(1668年)
山形城主松平忠弘が下野国
宇都宮に転封となると東根領は宇都宮藩の飛領地となり寛保2年(1742年)からは天領として東根城二の丸に陣屋が築かれた。
現在の東根小学校辺りが本丸という。
